Quelques informations intéressantes issues du dossier.
Tout d'abord, la liste des variantes envisagées :

On retrouve un passage par la rue Chevreul, Daubenton/Dumont, Martyrs de la Résistance ou encore rue d'Auxonne, qui présentent des difficultés d'insertion et des dessertes moins intéressantes, comme on peut s'en douter.
Il y a également un passage sur les sens de circulation après le tramway :

Du coup, la rue du Transvaal (ou Transversaal selon le document) et le boulevard de l'Université vont passer en sens unique dans leur intégralité. Idem pour le boulevard Carnot et la rue du Mirande sur la portion traversée par le tram.
Concernant les sites mixtes, on en retrouve un devant la prison, sous le pont des Tanneries et sans surprise rue du Transvaal ainsi que la partie étroite de la rue de Mirande.