Je pense que cette différence s'explique par le fait qu'à l'époque de la CTB (aujourd'hui Agglobus), Transdev exploitait les lignes régulières (dans l'ensemble les mêmes que l'on connaît aujourd'hui sauf les lignes de Berry-Bouy et Plaimpied de mémoire sous-traitées à la Socetra) en plus des lignes scolaires (du moins sur le périmètre de la commune de Bourges, à confirmer pour les autres communes).
On retrouvait ainsi jusqu'en 2011-2012 les plus anciens ou les bus les moins fiables du réseau affectés aux scolaires avec du personnel Transdev. Les PR 112, R312, les GX diesel ainsi que les GX 317 GNV les moins fiables (n°313 et 322 notamment) et le GX217 GNV étaient souvent de la partie. On pouvait même retrouver quelques PR180 sur les circuits scolaires d'Alain Fournier.
Plus surprenant encore en 2009, lors de la livraison des 4 premiers Citaro, ceux-ci avaient passé quelques mois sur les circuits scolaires le temps de les fiabiliser un peu avant de les affecter définitivement à l'ancienne 1 ou 5. Il s'est passé la même chose en 2006-2007 lors de la livraison des GX 327 GNV, mais ils sont passés très vite sur les lignes régulières.
C'est en 2012 de mémoire, lorsque RATP Dev s'est installé pour son premier contrat de DSP que l'intégralité des services scolaires ont été sous-traités à sa filiale interurbaine (STIC). La STUB a fait un gros ménage sur le parc en 2012 en gardant uniquement la flotte nécessaire pour exploiter les lignes régulières : 22 Citaro diesel, 31 GX GNV, 2 GX 317 diesel, 1 PR112 (n°143) (je crois que les 2 Agora L sont arrivés un peu après). La STIC a repris une bonne partie des derniers Renault et Heuliez diesel de la STUB à cette époque. Les dernières reliques de la STIC étaient encore en exploitation avant le Covid.
C'est ainsi que 12 ans après, nous héritons encore de cet effectif de 55 véhicules pour les lignes régulières hors navettes.